W Izbie Administracji Skarbowej w Olsztynie prowadzone są następujące rejestry i archiwa:

1. Rejestr biegłych skarbowych. Rejestr biegłych skarbowych w Izbie Administracji Skarbowej w Olsztynie prowadzi komórka egzekucji administracyjnej. Rejestr udostępniany jest na prośbę zainteresowanego podmiotu w siedzibie Izby Administracji Skarbowej od poniedziałku do piątku w godzinach od 7.15 do 15.15.
2. Rejestr pism i spraw. Wszelkie czynności związane z rejestrowaniem, ewidencjonowaniem i archiwizowaniem dokumentów są dokonywane w oparciu o obowiązujące przepisy oraz regulacje wewnętrzne.
3. Ewidencja skarg wnoszonych do WSA i NSA.
4. Rejestr skarg i wniosków.

5. Archiwum zakładowe wraz z magazynami w poszczególnych urzędach skarbowych, urzędzie celno-skarbowym i oddziałach celnych. Prowadzenie archiwum zakładowego Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie należy do zakresu działania Referatu Archiwum. W archiwum wyznaczenie pracownicy dokonują udostępnienia przechowywanej dokumentacji na wniosek zainteresowanego podmiotu za zgodą Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie.

Prowadzenie rejestrów i archiwum w Izbie Administracji Skarbowej w Olsztynie regulują:

1. Ustawa z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach.
2. Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia instrukcji kancelaryjnej izb administracji skarbowej, urzędów skarbowych i urzędów celno-skarbowych oraz instrukcji w sprawie organizacji i zakresu działania archiwum zakładowego izb administracji skarbowej.
3. Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia jednolitego rzeczowego wykazu akt w izbach administracji skarbowej, urzędach skarbowych i urzędach celno-skarbowych.