Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności przepisy następujących aktów prawnych:

• Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa 
• Ustawa z 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego 
• Zarządzenie  Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia jednolitego rzeczowego wykazu akt w izbach administracji  skarbowej,urzędach skarbowych i urzędach celno-skarbowych 
• Zarządzenie Nr 3 Ministra Finansów z dnia 20 stycznia 2015 r. w sprawie prowadzenia rejestrów oraz przekazywania informacji w sprawach sądów administracyjnych 
• Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków 
• Regulamin organizacyjny Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie.

Sprawy w urzędzie załatwiane są zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa przy poszanowaniu zasad wynikających z Kodeksu postępowania administracyjnego i Ordynacji podatkowej.

Zgodnie z Ordynacją podatkową załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej (art. 139 § 1 Op).

Niezwłocznie powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę, lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie. (art. 139 § 2).

W przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie urząd ma obowiązek zawiadomienia strony o przyczynach niedotrzymania terminu, wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 § 1 Op). Do terminu, w którym ma być wydana decyzja nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego do dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnienia spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 139 § 4 Op).

Na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie służy stronie ponaglenie do organu wyższego stopnia, do dyrektora izby administracji skarbowej, jeżeli sprawa dotyczy rozpatrywania odwołań od decyzji, o których mowa w art. 83 ust. 4 i 5 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej, wydanych przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, do Szefa Krajowej Administracji Skarbowej, jeżeli sprawa nie została załatwiona przez dyrektora izby administracji skarbowej (art. 141 §1 Op).