Organizację Urzędu Skarbowego w Ełku reguluje Zarządzenie Nr 68/2022 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 30 grudnia 2022 r. w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Urzędu Skarbowego w Ełku, zmienione Zarządzeniem Nr 50/2023 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 20 lipca 2023 r.
Regulamin zgodny jest ze Statutem Urzędu Skarbowego, stanowiącym załącznik nr 8 do Zarządzenia Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów (t.j. Dz. Urz. MF z 2023 r. poz. 61, z późn. zm.)."
