W Urzędzie Skarbowym w Olsztynie prowadzone są następujące rejestry i ewidencje

• rejestr pism i spraw w systemie Biblioteka Akt,
• rejestr pism i spraw w Systemie Zarządzania Dokumentami,
• pocztowa książka nadawcza w systemie Biblioteka Akt,
• pocztowa książka nadawcza w Systemie Zarządzania Dokumentami,
• ewidencja podatników, płatników podatków i płatników składek ubezpieczeniowych - prowadzona w systemie informatycznym PoltaxPlus,
• rejestr podatników podatku od towarów i usług (VAT) i podatników VAT UE - prowadzony w systemie informatycznym PoltaxPlus,
• rejestr zastawów skarbowych w formie komputerowej,
• rejestr wydanych zaświadczeń w systemie Biblioteka Akt.

Sposób i zasady prowadzenia ww. rejestrów i ewidencji określone są przepisami następujących aktów prawnych:

• ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa 
• ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług 
• ustawa z dnia 13 października 1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników