Naczelnik Urzędu Skarbowego jest organem niezespolonej administracji rządowej podlegającym ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych oraz organem Krajowej Administracji Skarbowej.

Naczelnika Urzędu Skarbowego powołuje Szef Krajowej Administracji Skarbowej na wniosek Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.

Naczelnik Urzędu Skarbowego odpowiada przed Dyrektorem Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie za prawidłową i terminową realizację zadań, które wykonuje przy pomocy Urzędu Skarbowego.

Zakres działania, terytorialny zasięg i organizację Urzędu Skarbowego określają w szczególności:

1. ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej 
2. ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. - Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej 
3. ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych 
4. zarządzenie Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów 
5. rozporządzenie Ministra Finansów dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie właściwości organów podatkowych 
6. rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia  24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej 
7. rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 17 lutego 2017 r. w sprawie właściwości urzędów skarbowych i izb administracji skarbowej w zakresie spraw dotyczących znaków akcyzy 
8. rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 23 lutego 2017 r. w sprawie właściwości urzędów skarbowych i izb administracji skarbowej w zakresie podatku od wydobycia niektórych kopalin 
9. rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 22 lutego 2017 r. w sprawie właściwości urzędów skarbowych i izb administracji skarbowej w zakresie podatku od gier 
10. przepisy odrębne;
11. regulamin organizacyjny Urzędu.