Zasady prowadzenia przez Urząd rejestrów, ewidencji i archiwum regulują następujące przepisy:
- Regulamin organizacyjny Warmińsko Mazurskiego Urzędu Skarbowego
- Zarządzenie nr 14 Ministra Finansów z dnia 27 listopada 2001r. w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych oraz organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt,
- Instrukcje obsługi i przetwarzania dokumentów.
Wykaz rejestrów prowadzonych w Urzędzie:
- Ewidencja podatników i płatników,
- Rejestr zaświadczeń,
- Rejestr zastawów skarbowych w formie elektronicznej,
- Rejestr kas fiskalnych
W Urzędzie funkcjonuje archiwum zakładowe.
