Zasady prowadzenia przez Urząd rejestrów, ewidencji i archiwum regulują następujące przepisy:

1. Regulamin organiczacyjny Urzędu Skarbowego w Kętrzynie.
2. Zarządzenie nr 34 Ministra Finansów z dnia 30 października 2003r. w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych oraz organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt w tych organach. 
3. Instrukcje obsługi i przetwarzania dokumentów.  

 Wykaz rejestrów prowadzonych w Urzędzie:

• Rejestr identyfikacji podatników,
• Rejestr zaświadczeń,
• Rejestr zastawów skarbowych,
• Rejestr kas fiskalnych

W Urzędzie funkcjonuje składnica akt.