Organizację Urzędu Skarbowego w Olsztynie reguluje Zarządzenie Nr 5/2025 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 17 stycznia 2025 r. w sprawie nadania Urzędowi Skarbowemu w Olsztynie regulaminu organizacyjnego.
Regulamin utworzono na podstawie przepisów Statutu Urzędu Skarbowego, stanowiącego załącznik nr 8 do Zarządzenia Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów (t.j. Dz. Urz. Min. Fin. z 2023 r. poz. 61, z późn. zm.).
