Organizację Urzędu Skarbowego w Ostródzie reguluje Zarządzenie Nr 75/2022 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 30 grudnia 2022 r. w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Urzędu Skarbowego w Ostródzie, zmienione Zarządzeniem Nr 7/2025 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 3 lutego 2025 r.
Regulamin zgodny jest ze Statutem Izby Administracji Skarbowej, stanowiącym załącznik nr 5 do Zarządzenia Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów (t.j. Dz. Urz. MFFiPR z 2020 r. poz. 16, z późn. zm.).
