Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności przepisy następujących aktów prawnych:
- Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa
- Ustawa z 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego
- Zarządzenia nr 14 Ministra Finansów z dnia 27 listopada 2001 r. w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych oraz organizacji i zakresu działania archiwów zakładowych i składnic akt (załącznik nr 1: instrukcja w sprawie obsługi kancelaryjnej izb i urzędów skarbowych),
- Zarządzenie nr 37 Ministra Finansów z dnia 14 sierpnia 2012 r. w sprawie postępowania w przypadku zaskarżenia do Sądu Administracyjnego decyzji, postanowienia lub innego aktu albo czynności z zakresu administracji publicznej oraz rejestrów prowadzonych w tych sprawach
- Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków
- Regulamin organizacyjny Izby Administracji Skarbowej.
Sprawy w urzędzie załatwiane są zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa przy poszanowaniu zasad wynikających z Kodeksu postępowania administracyjnego i Ordynacji podatkowej.
Zgodnie z Ordynacją podatkową załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej (art. 139 § 1 o. p.).
Niezwłocznie powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę, lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie (art. 139 § 2 o. p.).
W przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie urząd ma obowiązek zawiadomienia strony o przyczynach niedotrzymania terminu, wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 § 1 o. p). Do terminu, w którym ma być wydana decyzja nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego do dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnienia spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 139 § 4 o. p.).
Na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie służy stronie ponaglenie do organu wyższego stopnia, tj. do dyrektora izby administracji skarbowej. (art. 141 §1 pkt 1 o. p.)
Postępowanie wszczynane jest na wniosek strony.
Przy postępowaniu odwoławczym, odwołanie wnosi się do dyrektora izby administracji za pośrednictwem organu pierwszej instancji, który tę decyzję wydał.
Sprawy załatwiane są w formie pisemnej. Uprawnienia do podpisywania pism określa Regulamin organizacyjny jednostki.