Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego jest organem niezespolonej administracji rządowej podlegającym ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych oraz organem Krajowej Administracji Skarbowej.
Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowegopowołuje Szef Krajowej Administracji Skarbowej na wniosek Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.
Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego odpowiada przez Dyrektorem Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie za prawidłową i terminową realizację zadań, które wykonuje przy pomocy Urzędu Celno-Skarbowego.
Zakres działania, terytorialny zasięg i organizację Urzędu Celno-Skarbowego określają w szczególności:
- ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej
- ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. - Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej
- ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych
- zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów
- rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej
- zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017r. w sprawie utworzenia delegatur jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz terytorialnego zasięgu ich działania i siedzib
- przepisy odrębne;
- regulamin organizacyjny.