Warmińsko-Mazurski Urząd Celno-Skarbowy w Olsztynie terytorialnie obejmuje swoim zasięgiem województwo warmińsko-mazurskie, a kontrolę celno-skarbową może wykonywać na całym terytorium Rzeczypospolitej Polskiej.

Siedzibą Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie jest Olsztyn.

Siedzibami Delegatur są:

• Olsztyn: Delegatury Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie;
• Elbląg: Delegatury Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Elblągu.