Sprawy w Warmińsko-Mazurskim Urzędzie Celno-Skarbowym w Olsztynie załatwiane są na bieżąco, zgodnie z procedurami i w terminach określonych przepisami prawa. Właściwość rzeczowa i sposób załatwiania sprawa wynika w szczególności z przedstawionych poniżej przepisów.

W sprawach celnych:

• ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej 
• ustawa z dnia 19 marca 2004 r. Prawo celne
• rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 952 /2013 ustanawiające Unijny Kodeks Celny,
• rozporządzenie delegowane Komisji (UE) 2015/2446 z dnia 28 lipca 2015 r. uzupełniające rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 952/2013 w odniesieniu do szczegółowych zasad dotyczących niektórych przepisów unijnego kodeksu celnego,
• rozporządzenie wykonawcze Komisji (UE) 2015/2447 ustanawiające szczegółowe zasady wykonania niektórych przepisów rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 952 /2013 ustanawiającego Unijny Kodeks Celny,
• rozporządzenie delegowane Komisji (UE) 2016/341 z dnia 17 grudnia 2015 r. uzupełniające rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 952/2013 w odniesieniu do przepisów przejściowych dotyczących niektórych przepisów unijnego kodeksu celnego w okresie, gdy nie działają jeszcze odpowiednie systemy teleinformatyczne, i zmieniające rozporządzenie delegowane Komisji (UE) 2015/2446
• ustawa z dnia 29 listopada 2000 r. o obrocie z zagranicą towarami, technologiami i usługami o znaczeniu strategicznym dla bezpieczeństwa państwa, a także dla utrzymania międzynarodowego pokoju i bezpieczeństwa.

W sprawach podatkowych:

• ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa 
• ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług 
• ustawa z dnia 6 grudnia 2008 r. o podatku akcyzowym 
• ustawie z dnia 19 listopada 2009 r. o grach hazardowych

W sprawach dotyczących transportu drogowego:

• ustawa z dnia 6 września 2001 r. o transporcie drogowym 
• ustawa z dnia 9 marca 2017 r. o systemie monitorowania drogowego i kolejowego przewozu towarów 
• ustawa z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego 

W sprawach i karnych i karnych skarbowych:

• ustawa z dnia 10 września 1999 r. Kodeks Karny Skarbowy. 
• ustawa z dnia 6 czerwca 1997 r. Kodeks karny 
• ustawa z dnia 6 czerwca 1997 r. Kodeks postępowania karnego 

Należy pamiętać, iż:

1. W zakresie spraw administracyjnych obowiązuje ustawa z dnia 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej oraz rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 28 września 2007r. w sprawie zapłaty opłaty skarbowej.
2. W zakresie ogólnych zasad postępowania w przypadku wpływu dokumentów, trybu postępowania z aktami w toku bieżącej pracy i ich obiegu, zapewniające tym samym jednolity sposób tworzenia, ewidencjonowania i przechowywania akt /sposób przyjmowania spraw/: zarządzenie  Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia jednolitego rzeczowego wykazu akt w izbach administracji skarbowej, urzędach skarbowych i urzędach celno-skarbowych.
3. W sprawach skarg i wniosków stosuje się ustawe z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego, rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków.